»Die während der Herrschaft der Nationalsozialisten erfolgten Massentötungen von psychisch Kranken und geistig Behinderten hatten mit einer Euthanasie im eigentlichen Sinne nichts zu tun. Es waren bewusste, gewollte und mit Überlegung ausgeführte Tötungen, die mit hinterhältigen und arglistigen Täuschungen der Kranken und ihrer Angehörigen einhergingen.«
 
Im Oktober 1939 unterzeichnete Hitler einen auf den 1. September zurückdatierten Erlass, der „Reichsleiter Bouhler und Dr. med. Brandt“ beauftragte, „die Befugnisse namentlich zu bestimmender Ärzte so zu erweitern, dass nach menschlichem Ermessen unheilbar Kranken bei kritischer Beurteilung ihres Krankheitszustandes der Gnadentod gewährt werden kann.“
Mit diesem Euthanasieerlass war das Schicksal von mehr als einhunderttausend seelisch kranken und geistig behinderten Bürgern besiegelt. Sie wurden vergast, zu Tode gespritzt oder sie verhungerten.
Mit Datum vom 9. Oktober 1939 erhielten die Leiter der Heil- und Pflegeanstalten gleichlautende Schreiben, in denen „im Hinblick auf die Notwendigkeit planwirtschaftlicher Erfassung der Heil- und Pflegeanstalten …“ darum ersucht wurde, beigefügte Meldebögen auszufüllen und alsbald zurückzusenden.
In den Heil- und Pflegeanstalten war nicht bekannt, welchem Zweck die Meldebögen dienen sollten. Verbreitet war die Annahme, dass die arbeitsfähigen und besonders brauchbaren Kranken den Heil- und Pflegeanstalten entzogen werden sollten, um als Rüstungsarbeiter verwendet zu werden. Die Verwirklichung dieses Aspekts hätte die Arbeit in den Anstalten außerordentlich erschwert, da die Anstalten auf die Mitarbeit der arbeitsfähigen Patienten angewiesen waren.
Aus diesen Überlegungen heraus wurden viele der Meldebögen zu Ungunsten der Kranken so ausgefüllt, dass sie als nicht arbeitsfähig ausgewiesen wurden. Die Absicht der Planer der Euthanasieaktion, „unnütze Esser“ zu beseitigen, konnte nicht erkannt werden.
Vor dem Hintergrund dieses Führer-Befehls sind aus der Rheinischen Provinzial-Heil- und Pflegeanstalt Düren 376 Männer und 222 Frauen abgeholt und aus „kriegswichtigen Gründen“ über die Zwischenanstalten Galkhausen und Andernach in die Tötungsanstalt Hadamar bei Limburg verlegt worden.
In der zweiten Augusthälfte des Jahres 1941 wurde diese erste Phase der Morde an psychisch Kranken und geistig Behinderten durch einen weiteren Führer-Befehl gestoppt. In den Jahren danach, bis zum Ende des Zweiten Weltkrieges, sind aus der Rheinischen Provinzial-Heil- und Pflegeanstalt Düren weitere 1300 Männer und Frauen – auf Anordnung des Reichsverteidigungskommissars – verlegt worden.
Diese Patienten sind – von Ausnahmen abgesehen – ebenfalls einen grausamen Tod gestorben. Mit den dadurch freiwerdenden Betten wurde in der Anstalt ein Wehrmachtslazarett eingerichtet. Außerdem wurden die freien Plätze anderen Institutionen, wie z.B. den Riehler Heimstätten in Köln, zur Nutzung übergeben.
Nach dem Großangriff auf Düren am 16. November 1944 kamen die letzten Patienten weg. Die Anstalt Düren hatte aufgehört zu existieren. Damit war das eingetreten, was in der Planung der Nationalsozialisten sowieso vorgesehen war: die Anstalt Düren aufzulösen, weil „kein Bedarf mehr vorhanden sei“.